El Ministerio de Fomento y el Adif disponían antes del inicio de las obras de informes técnicos que ponían de manifiesto el riesgo de que la perforación de la variante de Pajares provocara un trasvase de agua desde los cauces fluviales leoneses de la Cordillera hacia Asturias, a través del túnel bajo la Cordillera. Aquellas advertencias se cumplieron. La excavación del gran paso subterráneo ha provocado graves pérdidas de nivel y desecados en numerosos ríos y manantiales de la provincia vecina. Los municipios leoneses afectados, con el apoyo de la asociación de vecinos de Campomanes, han presentado una denunciado por estos hechos ante la Unión Europea (UE).
La documentación oficial del Adif, a la que ha tenido LA NUEVA ESPAÑA, prueba que en 2002, dos años antes de la inauguración oficial de las obras, los técnicos alertaron de la necesidad de llevar a cabo un estudio "exhaustivo" para lograr un "conocimiento preciso de los flujos de agua", a la vista de que "la zona afectada por la excavación del túnel tiene unas especiales condiciones litológicas y estructurales, que provoca la existencia de diversas zonas con notables problemas hidrogeológicos". Sin embargo, ese estudio no se realizó hasta que los trabajos de perforación se habían iniciado y el daño ya estaba hecho. "El desarrollo de las obras de los túneles de Pajares, actualmente en fase de construcción, ha provocado un impacto ambiental importante sobre los acuíferos de la zona que puede intensificarse aún más en el futuro", alertan los autores del denominado "Estudio hidrogeológico del entorno de los túneles de Pajares", de 2008. En concreto, las consecuencias de ese impacto constatadas por los técnicos fueron la disminución o el secado de fuentes y manantiales, así como la formación de sumideros en varios arroyos.
Además, también llama la atención el que en la Declaración de Impacto Ambiental de las obras no se realizara evaluación alguna de las afecciones medioambientales que podría causar la perforación de un túnel en las entrañas de la Cordillera.
A consecuencia de todas estas imprevisiones, y sumado al daño ambiental ocasionado en la vertiente leonesa de la obra que ahora analizan las autoridades comunitarias, el Ministerio de Fomento se ha visto obligado a invertir más de 250 millones de euros para lograr una reducción de las filtraciones de agua al interior de los túneles. Además, aún tiene pendiente la recuperación de los cauces leoneses afectados.
