Cuando la defensa de Villa intuyó que la jueza estaba a punto de cerrra la instrucción de la querella del SOMA, presentó en el Juzgado un auténtico aluvión de peticiones de prueba, entre ellas, interrogar en principio a 34 compañeros de sindicato, a los que luego seguirían los que fuesen oportunos. La jueza lo rechazó, ya que consideraba que con las pruebas practicadas ya había indicios suficientes para abrirle juicio. La defensa recurrió, pero la sección tercera de la Audiencia Provincial ha dado la razón a la jueza y rechazado las pretensiones de Villa, que hubiesen obligado a reabrir la instrucción. Además, la Audiencia condena a Villa en costas, por no haber "un mínimo motivo atendible" y rechaza que éstas tengan un carácter de castigo a la economía del exsindicalista, como sostenía la defensa respecto de las decisisones de la jueza Simonet Quelle, puesto que eso sería tanto como admitir una parcialidad en menoscabo del derecho de defensa, lo que resulta "intolerable". Y también rechaza la nulidad de las actuaciones, como también pedía la defensa, algo incompatible por otro lado con su pretensión de seguir practicando prueba.

El magistrado ponente, el presidente de la sección tercera, Javier Domínguez Begega, considera "insostenible" la pretensión de Villa, que denunció que la jueza no había justificado la decisión de rechazarle las pruebas. Para el magistrado "solo con la deliberación de ignorar, o querer que se ignore, el texto de los dos autos de la instructora concernidos en la presente alzada, el de fecha 13 de marzo de 2017 y el subsecuente de 28 de marzo que rechazó su reforma, se puede sostener aquel alegato, pues es manifiesto el criterio que sustenta su decisión". Esto es, la jueza sí justificó el rechazo a las nuevas pruebas.

En cuanto a la impugnación de la decisión desestimatoria de la "retahíla de diligencias de investigación" que propuso la parte que recurre, el ponente explica que "hay que hacer ver que el artículo 777 y concordantes de la Ley de Enjuiciamiento Crimimanl atribuye al instructor, y no a la parte, la competencia para la práctica de las diligencias indispensables para determinar la naturaleza y circunstancias del hecho así como de los partícipes en él" y si la magistrada instructora entiende colmada la investigación "y se da la base del pronunciamiento que ordena la evolución del trámite, el interés, ciertamente novedoso, en que se practiquen aquellas diligencias de alcance exorbitante, aparte de no venir justificado con aquel fin que ya ponderó la a quo, no debe determinar una dilación cuando el derecho a la prueba lo tiene reservado la parte, si es que el órgano llamado al enjuiciamiento valora su pertinencia, observando además la confusión que sugiere esa pretensión con la función instructora de indagación de otras insinuantes infracciones criminales y terceros partícipes, desbordando los límites de lo investigado en la presente causa para un fin prospector intolerable". En otras palabras, Villa tendrá posibilidad de sobra de practicar las pruebas que solicitó a la jueza (la declaración de sus 34 compañeros, el análisis de la contabilidad del SOMA y de las actas del comité intercentros, entre otras) en el momento del juicio.