Pedro Menéndez de Avilés había regresado de las Indias para hacerse cargo del mando como Capitán General, nombrado por Real Despacho de 10 de Febrero de 1574, de una formidable armada que tenía como objetivo destruir a los piratas y corsarios que atacaban nuestras costas así como el de prestar auxilio a Luis de Requesens en la guerra que sostenía contra los Orangistas en los Países Bajos. El 8 de septiembre toma posesión en Santander del mando de la escuadra, formada por 300 velas y 20.000 hombres, pero enferma y muere el día 17, a los 55 años de edad. Con respecto a las causas de su muerte, Fernández Duro cita, en sus «Disquisiciones Náuticas», la falta de higiene y sobre todo la falta de hospitales que aquejaba los puertos en donde se realizaban importantes concentraciones de marinos, como es el caso que nos ocupa, en donde murieron más de tres mil hombres por falta de atención sanitaria, entre ellos el insigne marino avilesino. Aunque en un principio se creyó que había sido la peste la causante de tan singular sangría de vidas, hoy sabemos que la mortal epidemia fue causada por contagio del tifus exantemático, a través de los piojos corporales que portaban las tripulaciones, incluyendo, como podemos deducir, los propios jefes de las mismas.
Pedro Menéndez había dictado testamento en Sanlúcar de Barrameda el 7 de enero de 1574. Hace nuevamente testamento en Santander el 15 de de septiembre y en este segundo documento manifiesta la voluntad de que su cuerpo sea llevado a la villa de Avilés y allí sea sepultado en la iglesia de San Nicolás, en donde descansaban sus antepasados .
En cumplimiento de su voluntad, amortajado con el hábito de Santiago, fue embarcado su cadáver para el traslado, pero durante éste una fuerte tormenta hizo que la comitiva arribase a la villa de Llanes, en Asturias. En la iglesia principal de esta población, llamada de Santa María, fueron depositados con gran solemnidad los restos del Adelantado y allí permanecieron hasta el año 1591.
En noviembre de 1591, comisionados por la Justicia y Regimiento de Avilés, llegaron a Llanes el Arcediano de Benavente, Gonzalo de Solís, y el Canónigo de Oviedo, Tirso de Avilés, para hacerse cargo de los restos del Adelantado y trasladarlos a la villa avilesina con el objeto de dar cumplimiento a la voluntad del mismo, expresada en el anteriormente citado testamento.
Tirso de Avilés levanta acta de la traslación desde la villa de Llanes a la de Avilés de los restos mortales de Pedro Menéndez, según documento fechado en Avilés a 9 de noviembre de 1591 y depositado en el archivo del Marqués de San Esteban del Mar. En este documento se cita por primera vez el ataúd de Pedro Menéndez, ahora depositado en el museo dedicado al Adelantado en la Misión del Nombre de Dios en San Agustín de la Florida. Tirso de Avilés relata como el cadáver estaba amortajado en un hábito blanco con una cruz colorada en medio, de la Orden de Santiago, colocado dentro de un ataúd de madera matizado en negro y con un letrero dorado. Dice que había sido traído de la villa de Llanes y que, en dicho día, el ataúd fue llevado por cuatro regidores de la villa de Avilés para ser sepultado en la iglesia parroquial de San Nicolás. El ataúd fue puesto en un arco principal en la pared dentro de la capilla mayor en la parte del Evangelio y las llaves del mismo fueron entregadas a la Justicia y Regimiento de la villa.
En el año de 1652, el día 1 de mayo, se anuncia en Avilés la decisión de la Justicia y Regimiento de la ciudad de hacer obras en la iglesia de San Nicolás consistentes en la colocación de bóveda y arreglos en la capilla mayor. Las obras con arreglo a la planta y traza del maestro Velasco y dirigidas por Juan de Solís dieron comienzo poco después. Se procedió a la demolición del ábside para lo cual fue preciso deshacer el entierro de Pedro Menéndez. Así se sacó el ataúd y se depositó provisionalmente en un lateral de la iglesia con la intención de devolverlo a su sitio una vez terminadas las obras. Allí continuaron hasta que en 1924 el Ayuntamiento de Avilés encargó al escultor Garci-González la realización de un nuevo sepulcro, el actual.
La exhumación de los restos del Adelantado se realizó el 24 de junio de 1924, de lo cual levantó acta el notario Arsacio de Prado y Campillo, del ilustre colegio de Oviedo, previo requerimiento del Alcalde de Avilés, José Antonio Rodríguez Fernández. Eran las tres de la tarde, en la iglesia de San Nicolás y en presencia del notario y del alcalde, así como de los miembros de la junta organizadora de los actos del traslado de los restos del Adelantado al nuevo mausoleo, Francisco Abarca, Telesforo González, Prior de los Franciscanos; Luis Caso de los Cobos y Valdés, José Ramón Muñiz Rojas, Armando Fernández Cueto y Julián Orbón Corujedo, procedieron los operarios Félix Reguera Álvarez, Antonio Fernández Díaz y Bernardo Lorda Cimadevilla, dirigidos por Armando Fernández Cueto, al acto de extraer los restos de Pedro Menéndez. Desprovisto el sepulcro de las dos piedras que lo revestían por la parte superior y por el frente, quedó al descubierto un ataúd de madera que contenía en su interior restos humanos y trozos de ropa. Estos restos humanos y trozos de ropa se colocaron dentro de una caja de madera que después fue cerrada con tornillos que fueron precintados por el notario referido.
El día 9 de agosto de 1924, con gran solemnidad y la asistencia de importantes delegaciones oficiales de los EE. UU. y de España, se trasladó el arcón de madera conteniendo los restos del Adelantado a la iglesia de San Nicolás. El día 12 de agosto se procedió a dar sepultura definitiva al Adelantado en el mausoleo construido por Manuel Garci-González en el templo de San Nicolás. Algunos individuos de la comisión organizadora de los actos, el escultor y artista autor del mausoleo, la comunidad de los Padres Franciscanos, junto con los operarios, son los testigos del nuevo enterramiento. Pero el sarcófago es demasiado pequeño, en longitud, para contener los restos del Adelantado, por lo que se procede a acomodarlos en una caja de plomo que, una vez soldada, se guarda dentro del nuevo mausoleo.
El viejo ataúd negro con letras doradas fue regalado por el alcalde de Avilés a la ciudad de San Agustín de la Florida, tras la intervención decisiva, solicitando la cesión, del señor John Batterson Stetson Jr., quien corrió con todos los gastos del traslado, así como de su restauración y lo entregó más tarde a la ciudad de San Agustín. El ataúd se embarcó en Santander y en octubre de 1924 la ciudad americana recibe la histórica reliquia que, por decisión de su Ayuntamiento y tras diversos avatares, fue entregada posteriormente a la diócesis de San Agustín para su custodia. Actualmente el ataúd, perfectamente restaurado y conservado se expone para asombro y gozo de los visitantes, en el museo dedicado a Pedro Menéndez situado en la Misión Nombre de Dios en el lugar donde también se encuentra la ermita de Nuestra Señora de la Leche y la Gran Cruz que representa el lugar donde Pedro Menéndez y los españoles que le acompañaron en su magnífica aventura de 1565 escucharon la primera misa en tierras americanas para, a continuación, proceder a la fundación de la ciudad de San Agustín aquel, ya lejano, 28 de agosto.
