El puerto de Avilés está considerado por el Tribunal de Cuentas Europeo un ejemplo de eficacia en la gestión de las infraestructuras financiadas con fondos europeos durante el período 2000-2006. Según el órgano auditor sólo 4 de los 12 proyectos portuarios que han sido auditados en esos años cumplen ese criterio de eficacia, mientras que el resto no cumple los objetivos comunitarios o ni siquiera se han terminado a tiempo.

Los proyectos eficaces, según el tribunal, son las construcciones portuarias en Ferrol (Galicia), con una ayuda de 38,5 millones de euros; la construcción de un dique de protección en el puerto de Las Palmas (Canarias), que se benefició de 11,9 millones; y los dos muelles en San Juan de Nieva en Avilés (6,5 millones).

Dos de los proyectos son tachados por el Tribunal de Cuentas de «ineficaces». Se trata de los «puertos vacíos» de Campamento (Andalucía), que se benefició de 16,5 millones de euros de fondos europeos, y Arinaga (Canarias), que recibió 11,7 millones.

El resto de infraestructuras portuarias auditadas en España «no contribuían al logro de objetivos de la política de transportes» de la UE, como un proyecto de renovación viaria en Avilés (1,2 millones). Otros proyectos, como el del puerto de Gijón, no estaban concluidos en el momento de la fiscalización (finales de 2010) debido a «retrasos y problemas». «El proyecto de Gijón, que recibió 248 millones de euros de cofinanciación, se había notificado al tribunal como finalizado en enero de 2011», dice el informe.