El Ministerio de Hacienda remitió el 11 de junio a la Dirección General de Política Regional (DG Regio) las alegaciones para intentar desactivar el informe de la OLAF. La respuesta incluía un informe de Puertos del Estado y alegaciones de la Autoridad Portuaria.

El objetivo de las alegaciones era intentar desvincular las supuestas irregularidades detectadas en torno a la ampliación de las ayudas europeas recibidas para la obra. Las alegaciones se hicieron en torno a los gastos vinculados al proyecto original de la ampliación, sin entrar a debatir los sobrecostes. El argumento era que la subvención sólo está vinculada a la parte del gasto del proyecto original y no a los sobrecostes que la Autoridad Portuaria asumió al pactar con Dique Torres una modificación del proyecto original. El planteamiento de España es que las supuestas irregularidades sólo perjudican al Estado, no a las arcas comunitarias, en contra de lo que sostienen la OLAF y ahora la CE.

También se alegó que la obra de El Musel estuvo sometida a numerosos controles del IGAE y del Tribunal de Cuentas.

Por su parte, exconsejeros del Puerto de Gijón en la época en la que se adjudicaron las obras, señalaron que ese proceso contó con cinco informes favorables de abogados del Estado, además de informes favorables de técnicos del Puerto.

Además del procedimiento administrativo entre España y la Comisión sobre la retirada de las ayudas, la OLAF también remitió su informe al Fiscal General del Estado, que lo derivó a la Fiscalía Anticorrupción, que lo está analizando.