"La tramitación del modificado queda condicionada, en cuanto al momento, a cuestiones políticas de oportunidad debido a la celebración de las elecciones autonómicas y en cuantía por la financiación con fondos comunitarios. Circunstancias que, como en el caso del proyecto origen, condicionan las características técnicas del mismo y su ejecución". Esta frase forma parte de las conclusiones del informe elaborado por las interventoras de la IGAE para la Audiencia Nacional.
El informe hace referencia al acta de la reunión del 16 de junio de 2006 entre una representación de la Autoridad Portuaria, encabezada por el entonces presidente Fernando Menéndez Rexach y de Dique Torres, encabezada por el entonces gerente Juan Miguel Pérez Rodríguez. En esa reunión se negoció la cuantía global de los sobrecostes de la obra, pero demorando su tramitación administrativa hasta después de las elecciones autonómicas de mayo de 2007.
En las referencias a aquel acta en el citado informe se apunta que Dique Torres pone encima de la mesa que ha incurrido ya en unos sobrecostes de 200 millones de euros, sin incluir IVA, que podrían aumentar en otros 70 millones más por las pérdidas de materiales y si el aprovechamiento de la cantera de Peña María, de Tudela Veguín, resulta inferior al previsto.
El Puerto cuestiona que Dique Torres ligue casi 100 millones de sobrecostes a la cantera de Peña María, la más cercana a la obra y la UTE responde que se debe a las contraprestaciones que tiene que hacerle a Tudela Veguín: Tender líneas eléctricas, torres de alta tensión, un depósito de agua y otras actuaciones.
La UTE reclama ya en ese momento una modificación del proyecto para incluir los sobrecostes, pero la delegación portuaria responde que es impensable plantear el modificado "antes de las elecciones autonómicas por los problemas políticos que comportaría, por lo que habrá de esperarse a mediados de 2007 para hacerlo", asumiendo que si la UE financia la mitad de los 200 millones de sobrecostes que pide Dique Torres, para los 100 restantes "no habría problema", palabras que el informe atribuye al exdirector José Luis Díaz Rato, quien también argumentó que la espera era necesaria porque la UE sólo admitía un modificado en todo el proyecto.
En un correo electrónico enviado seis días después por el gerente de la UTE a personas del grupo de empresas, dice respecto al modificado que "nos insistieron en que tiene que ser de 200 millones de euros porque no hay más dinero y Puertos del Estado ya tiene distribuidos los fondos hace tiempo".
Cuando se produjo aquella reunión, ya se estaban pagando de facto sobrecostes a la UTE, como también había señalado el informe de la OLAF. En marzo de 2006 LA NUEVA ESPAÑA informó de que ya estaban en marcha negociaciones para modificar el proyecto en más de 100 millones de euros, algo desmintió públicamente el entonces presidente de El Musel.
Días después, en el mes de abril, se hicieron dos modificaciones de precios de unidades de obra, que se comenzaron a pagar el día 20 de aquel mes. Hubo dos actas de modificación de precios más, en octubre de 2006 y septiembre de 2007, señala la IGAE.
En octubre de 2007, cinco meses después de las elecciones autonómicas, la Autoridad Portuaria inicia la tramitación del modificado, con unos sobrecostes de 216 millones de euros (250 con IVA), que comprendían incremento de precios de materiales, modificaciones técnicas y los temporales.
