Las tasas que impone cada puerto están reguladas legalmente, de tal forma que las cuentas de resultados determinan si una autoridad portuaria puede reducir las tasas o está obligada a incrementarlas. Para reducirla, tiene que haber tenido beneficios en los tres años anteriores y si durante esos años ha cosechado pérdidas, está obligada a incrementarlas. Para ello, la Ley de Puertos prevé unos coeficientes correctores para incrementar o reducir las tasas hasta en un 30%. Una reducción mayor es posible, en condiciones aún más restrictivas.
El Puerto de Bilbao, más saneado que el de El Musel, tiene un coeficiente de incremento de las tasas al buque, la mercancía y el pasaje del 5%, mientras en El Musel tiene incrementos del 25% en la tasa al buque, del 20% en la tasa a la mercancía y del 10% en la tasa al pasaje.
Otra clave son las bonificaciones para captar nuevos tráficos que ofrece cada autoridad portuaria, con autorización previa del Estado. El Musel tiene autorizadas bonificaciones para los contenedores, el tráfico ro-ro (autopista del mar), productos siderúrgicos, mineral de hierro, cruceros, maderas, papel y pasta de papel y cereales. El puerto bilbaíno aún tiene un número mayor de bonificaciones.
