Ex jugador de Alavés, Sestao, Espanyol, Barcelona, Athletic y Mallorca, comenzó entrenando al Athletic desde 2003 a 2005.
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En 2005 fue nombrado entrenador del Espanyol, cargo que ocupó dos temporadas. Alcanzó la final de la Copa de la UEFA en 2007.
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En 2008 partió rumbo a Atenas, donde entrenó al Olympiakos una temporada con la Liga y la Copa en su palmarés. En 2010, regresó al Olympiakos y conbquistó de nuevo la Liga en 2011.
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La única destitución de Ernesto Valverde llegó en enero de 2010, pocos meses después de asumir el mando del Villarreal.
Valverde dirigió al Valencia en el segundo tramo de la temporada 2012-2013, alcanzando la quinta plaza.
Las cuatro últimas temporadas ha entrenado de nuevo al Athletic, clasificandole en todas ellas para Europa. Alcanzó la final de Copa de 2015 y ganó con el club rojiblanco la Supercopa de ese año.