Diferentes teorías científicas han tratado de explicar por qué las cebras tienen su piel rayada, aunque los expertos no se ponen de acuerdo. Una de ellas, publicada en el «Journal of Experimental Biology», asegura que la distribución blanquinegra evita los molestos tábanos. Los autores del estudio sostienen que la luz polarizada atrae a estos insectos chupasangres hacia los pelajes oscuros, de modo que la presencia alternada de rayas blancas sería una mejora evolutiva para estos animales. Incluso comprobaron que caballos negros con cintas adhesivas blancas colocadas siguiendo el patrón de las cebras recibían menos picaduras.

Otros sostienen que es un mecanismo de camuflaje, y más aún sabiendo que los leones son daltónicos; otros, en cambio, aseguran que las rayas permiten que la manada parezca un animal más grande, o que los individuos se confundan constituyendo un todo informe que desoriente a los depredadores. Hay algunos estudios que sostienen, también, que la forma de las rayas coincide con la distribución de acumulaciones de grasa bajo la piel, para que la alternancia de tonalidades facilite la regulación térmica.

Parece bastante probable, eso sí, que las rayas tengan en todo caso una función social y sirva a las cebras para distinguirse. En ocasiones, algunas cebras nacen sin rayas y acaban apartadas por la manada.

Al margen de las dudas sobre el origen, el que sí parece resuelto es el dilema de si las cebras son blancas con rayas negras o negras con rayas blancas. Son negras. Los fetos de las cebras son de ese color durante la gestación y sólo después aparecen las llamativas franjas de color claro. Todo parece indicar que el patrón rayado se produce una vez avanzado el estado embrionario por una inhibición de la melanina.