En su disposición de última voluntad Jovellanos legó a su amigo y biógrafo Juan Agustín Ceán Bermúdez, historiador del Arte, entre otros objetos dos cuadros: el retrato del Cardenal Borja -que él atribuía a Alonso Cano y resultó ser de Velázquez- y el autorretrato de Juan de Carreño. Este último había formado parte de la colección de Pedro Pimentel, marqués de la Florida, de cuya testamentaría lo adquirió.
Había sido precisamente el marqués quien le había propuesto para académico de honor de la Academia de San Fernando en la junta de gobierno del 4 de junio de 1780, unos pocos días después de que Jovino fuera nombrado Consejero de Órdenes. Comenzaba así su brillante ascenso en la Corte. Era el marqués desde hacía un año Viceprotector de la Academia. Es decir, la persona que gobernaba prácticamente aquella institución y que la presidía, salvo cuando asistía a ella el Protector, cargo que según los estatutos estaba reservado al secretario de Estado, que entonces lo era el conde de Floridablanca. El secretario de la Academia, Antonio Ponz, al redactar el acuerdo se cuidó de indicar que ya desde antes venían los señores académicos interesándose por la persona de "Gaspar de Jovellanos, consejero de órdenes de S. M. de cuyo gusto con respecto a las letras y Nobles Artes y de otras apreciables circunstancias del mismo Caballero, ya se había hablado entre los señores concurrentes".
Unos meses después, en la junta ordinaria del 5 de noviembre "volvió el señor vice-protector los ojos a dicho Caballero (Gaspar de Jovellanos ) y explorando al mismo tiempo la voluntad de la Junta", le encargó que pronunciase la oración que acostumbraba a decirse en las juntas públicas que tenían lugar cada tres años, en las que se distribuían los premios de la Academia a los alumnos distinguidos. Solían tener una gran solemnidad. Comenzaban con un concierto al que seguía la entrega de las medallas de oro y plata a los alumnos. Luego venía el discurso. En esta ocasión Jovellanos disertó sobre las Bellas Artes, y además quiso él, pues no creemos que pudo ser otro, rodearse de sus amigos, los poetas de la llamada Escuela Salmantina: Meléndez Valdés y fray Diego González (Delio), si bien este último no pudo asistir. Meléndez Valdés y otros poetas leyeron sus poemas pero no se leyó, en cambio, la égloga de fray Diego González, por haberse alargado mucho el acto.
Siete años iba a cumplir Jovellanos como académico de honor cuando el conde de Floridablanca lo "condecoró" académico consiliario, cuya obligación principal era asistir a las juntas de gobierno donde se trataban los asuntos más importantes antes de ser llevados a las juntas ordinarias. Hay que decir que debido a sus muchas ocupaciones no fue Jovino tan asiduo asistente como lo fue, por ejemplo, el académico de mérito Francisco de Goya. Conocida es la intervención e informe presentado por don Gaspar acerca de las estampas de las Antigüedades Árabes de Granada y Córdoba, cuya publicación recomendó, pero no de la manera que se mandó llevar a cabo. No es tan conocido, en cambio, el informe o memorial de 29 de abril de 1786 que redactó en nombre de la Academia sobre el modo de sustituir al secretario Antonio Ponz en los expedientes de obras públicas, remitidos a la Academia por el Consejo, para que pudiera llevar a fin término su Viaje por España.
Jovellanos, que muchas veces habría de recomendar a sus amigos, colocándolos en importantes puestos, fracasaría cuando recomendó a un tal Francisco Martínez por si la Academia "tenía a bien de concederle alguna de las condecoraciones que acostumbra". Era Martínez, constructor de máquinas navales y director del obrador de instrumentos en el arsenal de La Carraca de San Fernando (Cádiz), en donde equiparará con instrumentos astronómicos los barcos de la expedición geográfica a América del Sur que realizará en 1792 Churruca, el futuro héroe de Trafalgar.
En carta a su amigo Pedro Pimentel, leída en la junta de gobierno de 3 de junio de 1787, ponderaba Jovino los méritos de este inventor que al tenor de lo que de ella se recoge en las actas eran entre otros ejecutar "algunas de dichas Máquinas (navales), señaladamente con cañón fundido para presentar a S. M. con una llave de su invención, y en la cureña de Marina otra máquina para las punterías, ambas de suma utilidad; asimismo un disparador para hacer señales, que evitando todos los inconvenientes de los otros usados hasta ahora, trae muchas ventajas: del mismo modo diversas agujas acimutales que no se fabricaban en España: efectos todos de un talento particular y mucha aplicación a las Matemáticas y mecánica".
El alma ilustrada de Jovino no podía dejar de pasar por alto una recomendación, cualquiera que fuera la condición de la persona, con tal que fuera de extraordinario talento. Sin embargo, la Academia lo denegó, primero, porque su mérito "no era propio del instituto de esta Academia por lo que pertenece a la parte artística". Jovellanos ha descubierto la belleza de la mecánica, de los instrumentos útiles, del "quid utile" que pondrá en el lema de su Instituto; pero estamos lejos de lo que se llamaran en el siguiente siglo Artes Industriales. En segundo lugar, la Academia "halló el inconveniente que siendo individuo podía llegar el caso, que ha sucedido algunas veces, de presidir la Junta y verificarse entonces que los profesores de las nobles artes del Instituto se viesen pospuestos, y presididos por el de otras artes que con aquellas tiene poca o ninguna relación". Y terminaba el acuerdo. "Por tanto, aunque la Junta renunció el mérito del Sr. Martínez haciendo debido aprecio de su persona y talento y asimismo de la insinuación del señor Jovellanos, le pareció no tener arbitrio en este caso, para condescender en lo propuesto por lo que queda dicho y por otras consideraciones".
¿Cuáles serían esas otras consideraciones? Parece flotar en el ambiente el espíritu de clase, aquel que hasta hacía pocos años no permitía a los nobles tener empleos mecánicos. La condición de la persona era muy importante. Había que estar "abonado" de "estimables circunstancias". Esto mismo se dejará traslucir cuando muera el viceprotector marqués de la Florida y haya que nombrar un nuevo viceprotector. Entonces Floridablanca mandará que se designaran tres o cuatro académicos consiliarios para que el Rey eligiera entre ellos al nuevo vice-protector. El asunto será muy debatido en la junta de gobierno de 9 de junio de 1789. El problema estaba en si se elegía entre los "grandes" o entre todos los consiliarios. Se dijo que en la historia de la Academia siempre había recaído el cargo en un "grande". Pero al final, se decidió nombrar la cuaterna, en la que figuraba Jovellanos junto a Pedro de Silva, Ignacio Hermosilla y Bernardo de Iriarte (hermano del fabulista). Los cuatro se excusaron por sus muchos quehaceres. Al final vencieron los "grandes" y fue nombrado el marqués de Santa Cruz. Debían pasar tres años para que se nombrase por vice-protector a un homo novus, Bernardo de Iriarte. Para entonces Jovellanos ya había sido desterrado a Gijón.
No volverá por la Academia, pero su nombre volverá a sonar en ella cuando encargue a Ramón Durán los planos de su Instituto, un proyecto que los académicos entendieron que se trataba de una Academia de Ciencias, a tenor de lo que se recoge en el acta de la Sección de Arquitectura de 31 de agosto de 1796: "Se examinó un diseño del arquitecto Académico Don Ramón Durán que contenía la traza de una Academia de Ciencias Naturales, cuyo edificio debe construirse en la villa de Gijón, Principado de Asturias, bajo las disposiciones y datos de extensión, solidez, sencillez y economía comunicados al citado profesor por el señor Consiliario de la Academia D. Gaspar Melchor de Jovellanos. Quedó el proyecto aprobado en todas sus partes".
