El gran homenaje que Martin Scorsese rinde a los jesuitas en esa grandiosa odisea surcada por la violencia y el testimonio hasta la muerte que es "Silencio" -salvando diferencias de espacio y tiempo, recuerda a La Misión- ha vuelo a cuestionar la leyenda negra contra la Compañía de San Ignacio que aún pervive de forma incontrolada y sin más fundamento que la insidia y la mentira y es la que sostiene que los jesuitas han sido enemigos de la ciencia y del progreso de los pueblos. En colegios de primaria, de secundaria y en la misma Universidad no faltan presuntos enseñantes que repiten como papagayos que Galileo fue torturado por mantener sus hipótesis científicas contra la opinión de los jesuitas. La historia demuestra que la oposición entre la ciencia verdadera y la fe verdadera es insostenible, porque no puede existir la doble verdad; un verdad de la fe nunca puede oponerse a una verdad científica y viceversa. El cientifismo como ideología nada tiene que ver con la ciencia; como el fideísmo nada tiene que ver con la fe revelada y creída. Han existido grandes científicos creyentes y también ateos, luego la fe religiosa católica no depende de la ciencia, que no se oponen sino que se complementan y se necesitan.
Fueron los jesuitas quienes utilizaron por primera vez el telescopio inventado por Galileo, pero que él nunca utilizó para demostrar sus opiniones sobre el sistema solar. El primero científico que utilizó el telescopio fue jesuita Grassi, cuando en 1618 observó junto con otros compañeros tres cometas y sus posiciones, lo que nunca había logrado Galileo con su invento. Los resultados de la observación científica del P. Grassi no gustaron a Galileo, quien no podía admitir que ningún cometa pudiera orbitar como lo había demostrado el jesuita, y además se burlaba de él escribiendo su famoso tratado "Saggitario", en el que invocaba su propia autoridad en la materia y se negaba a aceptar las conclusiones de Grassi. Este recurso al argumento de autoridad se oponía a lo que defendía Galileo rechazando el principio de autoridad como argumento científico. Este fue el motivo por el que algunos jesuitas se alejaran de Galileo, quien sin embargo fue defendido por el mayor teólogo de su tiempo, el cardenal Roberto Belarmino. Quien después de haber interrogado a Galileo en el famoso proceso, que desvirtuó tendenciosamente Bertolt Brecht en su drama "Galileo Galilei", firmó un documento en el que certificó que Galileo no era hereje. Como escribe el jesuita Guy Consolmagno, prestigioso astrónomo, geólogo planetario experto en meteoritos y uno de los científicos que relegó a Plutón del título de planeta, el hecho de que a la larga Belarmino estuviese equivocado y Galileo tuviese razón, no fue culpa de ninguno, dadas las pruebas con que se contaba en aquella época. Como decía Belarmino con mucha prudencia, si se demostrase que el Sol no gira alrededor de la Tierra, sino ésta alrededor de aquél, sería muy necesario poner mucho cuidado al explicar los pasajes de la Escritura que parecen contrarios, y deberíamos decir que no los comprendimos, antes de decir que algunos de ellos era falso. Hoy la cuestión bíblica sigue vigente entre evolucionistas y fundamentalistas bíblicos por no seguir los prudentes consejos del cardenal jesuita Roberto Belarmino.
