No están muy claras las complicaciones asociadas al virus Zika, aunque sí se han descrito efectos neurológicos, algunos de ellos graves, en zonas en las que la enfermedad es epidémica, como lo fue la Polinesia Francesa, o recientemente en Brasil. Se han detectado casos de síndrome de Guillain-Barré u otros síndromes neurológicos, como meningitis, meningoencefalitis o mielitis.

La infección por el virus también se relaciona con la aparición de malformaciones en recién nacidos. Así, recientemente el Ministerio de Salud de Brasil ha notificado un aumento inusual de microencefalia en recién nacidos en zonas en las que se ha detectado presencia del virus. Muchas de estas consecuencias están bajo investigación, por lo que las autoridades sanitarias piden prudencia. No obstante, algunos países ya advierten de posibles complicaciones que acabaron en muerte.