Los técnicos de Fomento y del Adif tienen en estudio la quinta modificación del plan de vías de la variante de Pajares. El Ministerio, con Francisco Álvarez-Cascos, entonces en el PP, al frente, licitó y contrató el tramo para ancho estándar y tráfico mixto. Su sucesora, Magdalena Álvarez (PSOE), respetó ese planteamiento. Sin embargo, en 2009, el también socialista José Blanco aprovechó una visita a las obras para anunciar que el trazado se iba a equipar con triple hilo, opción que permitiría compatibilizar el paso de los Alvia, los AVE y los mercancías. La propuesta del "número dos" de José Luis Rodríguez Zapatero en el PSOE no llegó a cristalizar antes de que Mariano Rajoy llegara a La Moncloa y quedó definitivamente aparcada por la popular Ana Pastor nada más llegar a Fomento. Sin embargo, lejos de recuperar el diseño original de su partido para la Variante, y bajo el argumento de acelerar al máximo la apertura, la actual presidenta del Congreso de los Diputados decidió priorizar la apertura de uno de los túneles en ancho ibérico y con traviesa polivalente para su posterior conversión al estándar. Se instalaron 27 kilómetros de vía antes de que las obras de montaje de los raíles quedaran paralizadas por problemas con la empresa adjudicataria.
Tras Pastor llegó al Ministerio Íñigo de la Serna, quien, para dar cumplimiento al pacto del PP con Foro, llegó a anunciar que la Variante abriría con ancho estándar en los dos túneles y con los trenes de mercancías por el centenario paso del puerto, que sería objeto de diversas obras de mejora. Posteriormente, el exalcalde de Santander ajustó la propuesta y licitó un plan consistente en ancho estándar para el tubo izquierdo y triple hilo para el derecho.
El PSOE estudia ahora un nuevo cambio para que el conducto izquierdo lleve ancho ibérico.
