El relato fiscal analiza cómo "desde el mismo momento de la firma del contrato público de ejecución de la obra, se comenzó a trabajar en un modificado del contrato", una exigencia de la UTE, "que llegó a amenazar con su paralización". La Autoridad Portuaria dio reiteradamente una respuesta negativa, esgrimiendo que "Europa solo permitirá un modificado y con estricto cumplimiento del plazo, por lo que habrá que solicitar una ampliación" y, según Díaz Rato, porque "era impensable plantear el modificado antes de las elecciones autonómicas por los problemas políticos que comportaría".

Fueron el Secretario de Estado de Transportes, Fernando Palao, y al presidente de Puertos del Estado, Mariano Navas, quienes instaron a Rexach y Díaz Rato a que "aceptaran el abono con carácter inmediato de precios nuevos, incluso con carácter previo a la modificación del contrato". Fue por ello que Díaz Rato y Juan Miguel Pérez, en representación de la UTE Dique Torres, "acordaron estas actas de precios nuevos cuando se estaban incumpliendo los plazos parciales de ejecución", vulnerando la cláusula de Revisión de precios y "sin el correspondiente expediente previo y sin que conste la autorización del órgano de contratación". En este documento se establecieron 20 precios para pedraplenes y escolleras que se aplicaron de forma retroactiva.

Este modificado desembocó en un presupuesto de contrata de 830.165.909,31 euros que supuso un incremento de presupuesto, con respecto al importe inicial del contrato, de 250.924.350,32 euros.

Para la Fiscalía, "la construcción del Dique Torres era una incógnita" y que "una adecuada valoración de la oferta presentada, un control idóneo sobre la presentación del programa de trabajos y un eficaz ejercicio de las competencias de dirección e inspección por parte de la Autoridad Portuaria, hubieran actuado como factores decisivos en la minimización del coste".