Desde la elaboración del vigente plan de espacios portuarios, en septiembre de 1999 -modificado en 2008 para incluir el Alto de Aboño-, el Puerto ha renunciado, o está en trámites de hacerlo, a 1,09 millones de metros cuadrados, la mayor parte de ellos ya contemplados en la nueva Delimitación de Espacios y Usos del Puerto de El Musel en tramitación ambiental, junto con los 136.210 m2 del Tallerón, Armón y Santa Olaya aún sin desafectar.
La elaboración de la nueva delimitación se inicia después de que en 2011 la Audiencia Nacional anulara la modificación de 2008 que planteaba incorporar más de 320.000 m2 en el Alto de Aboño para desmontarlo para la obra de ampliación, lo que impugnó el Ayuntamiento de Carreño. El documento del DEUP acabó de elaborarse en 2016 y fija la superficie portuaria en 44.514.800 m2, la mayor parte las aguas de fondeo entre las perpendiculares que parte del Cabo de San Lorenzo, en La Providencia, y de la Explanada de Aboño. Las 4,17 millones de metros cuadrados de superficie terrestre representan el 9,38% del total.
La delimitación especifica los usos de los nuevos terrenos: Las ampliaciones de los muelles de La Osa, de la explanada de Aboño y del puerto exterior; las prolongaciones del Muelle Ingeniero León (el de Ebhisa) y de la sexta alineación; el puerto deportivo de Marina Yates y la nueva conexión Musel-Aboño, además de una parcela adquirida en La Figar.
Redefine además los usos conforme a la legislación de 2011, con lo que deja de especificarse qué zonas portuarias se reservan para mercancías peligrosas.
