La presencia de canónigos de San Agustín en Covadonga posiblemente desde el siglo XII pudo ser una decisión avalada con el amparo de Alfonso VII, simpatizante de este modelo de vida regular y decidido promotor de la misma. Pero fundamentalmente nos confirma la presencia de peregrinos jacobeos por el lugar, pues la atención a estos justifica siempre sus fundaciones en torno a estas vías con el fin de colmar su singular vocación, eminentemente hospitalaria.
Los canónigos asturianos, en virtud de la función que desempeñaban, han ejercido un auténtico control del espacio montañoso de los Picos de Europa a través de la red viaria que lo articulaba y ponía en contacto con la Meseta. Sabemos que ellos disponían de las rentas de Trianos, San Nicolás, cerca de Sahagún, y que también les pertenecía el priorato de San Juan de Naranco (Liébana).
La relación, por tanto, de estas tres canónicas agustinianas con Covadonga fue estrecha al estar todas vinculadas al patrocinio real, y ubicadas en importantes caminos de peregrinación con el objetivo de prestar ayuda a los peregrinos. Como tal han tenido una vida y un destino común, diseñado, en cierto modo, por el patronato regio, quien decidirá su reorganización en época moderna, fruto de la cual el hospital de peregrinos de San Nicolás quedará adscrito a Covadonga y el Real Sitio consolidado como importante centro de peregrinación. Y eso a pesar de que ningún obispo ovetense sintiera la necesidad de obtener de Roma algún privilegio que favoreciera la peregrinación al lugar, puesto que sus intereses se reducían prioritariamente a la promoción de la Cámara Santa ovetense.
La sustitución de la vida regular de los canónigos de San Agustín por un cabildo secular, llevada a cabo en 1635, fue suplantando la tradición peregrinatoria y los vínculos con el mundo jacobeo, a pesar de los grandes esfuerzos del cabildo materializados en el aderezo de caminos de acceso y en una especial atención a la liturgia. Fue muy relevante en esta época la actividad del abad don Pedro González Toraño, miembro capitular de la Orden de Santiago, y preocupado por mantener la iconografía jacobea que en aquella época lucía el santuario, tal como puede ser el «altar de Santa Ana», o la imagen del mismo Apóstol Santiago en el retablo del templo bajo. Esta información la confirma a mediados del siglo XVIII el peregrino González Santirso, en cuyo diario describe la situación del santuario, dispuesto a partir del gran cruceiro con significativas vieiras que abría las puertas al recinto sacro. Pocos años después, el conocido incendio de 1777 arruina toda la fábrica del centro mariano.
Muchos han sido los proyectos de reconstrucción, las controversias con el cabildo y los esfuerzos económicos necesarios para rehabilitar el espacio. Pero a todos, tal vez por desconocimiento, fue ajeno el legado centenario de la simbología jacobea que desde siglos atrás había identificado el lugar. Parece ser que se pensó más en la proyección regional que en los cauces devocionales nacionales e internacionales, que desde la Edad Media tan presentes habían estado representados en el Real Sitio, al ser generalizada la identificación de la Virgen de Covadonga y el Apóstol Santiago, ambos artífices, según la leyenda, de la salvación de España.
La situación no ha sido advertida aún, la simbología jacobea no volvió a iluminar ningún rincón del santuario, y el esbelto cruceiro de entrada fue, desde hace unos años, mutilado en su esbeltez y trasladado a las puertas del cementerio de los canónigos, un lugar recóndito que sólo algunos visitantes conocerán.
Nos queda, no obstante, una talla escultórica de la Virgen de Covadonga que en 1927 se le encargó al escultor valenciano José Capuz Manzano. Se trata de una imagen sentada con un Niño sobre su rodilla izquierda, y con corona que luce en su frente un pequeño escudo con la Cruz de Santiago. Se encuentra actualmente en el nicho central del retablo barroco, procedente del monasterio de Valdediós, en la Real colegiata de San Fernando.
