Los investigadores y arqueólogos Jorge Morín de Pablos e Isabel Sánchez Ramos, que dirigen las excavaciones arqueológicas del yacimiento de Los Hitos, en Toledo, levantaron ampollas en 2016 al presentar aquellas ruinas como las de un prototipo visigodo de Santa María de Naranco y, llevando su teoría hasta las últimas consecuencias, proclamaron que el reino de Asturias era heredero del visigodo -en lugar del imperio carolingio, como sostiene la mayor parte de los expertos de la región-. Tres años después de reabierta la excavación, el mismo equipo de investigación ha llegado a la conclusión de que las ruinas de Toledo son las del edificio más alto del siglo VI, de 12 metros de altura, solo superadas siglos más tarde por el primer alminar de Córdoba.
Santa María de Naranco, que data del siglo IX, mide nueve metros, pero su interés no reside en ningún récord métrico altomedieval sino en que su construcción supuso "un salto revolucionario en la arquitectura", según el historiador Lorenzo Arias. El edificio de Toledo, cuenta Arias, tiene "una planta muy similar y contrafuertes, pero estos no tienen que servir necesariamente para abovedar. Santa María del Naranco se sostiene porque tiene una alquería mural ciega, que junto con el muro y los contrafuertes es lo que permite que el edificio se abovede". La segunda planta de la edificación de Los Hitos bien podría haberse levantado sobre una estructura de madera, según el historiador asturiano; por ahora no hay manera de saberlo. Arias sostiene que es lógico que haya precedentes de Santa María del Naranco a lo largo de la historia pero, aunque exista algún parentesco, dos edificios pueden estar a años luz. Es lo que sucede, sin ir más lejos y según indica el historiador, con Santa María del Naranco respecto a Santa Cristina de Lena o San Salvador de Valdediós.
Santa María del Naranco y el supuesto palacio de Los Hitos también están distanciados por sus usos. El equipo de Toledo habla de una construcción palaciega, con uso residencial y en cuyo interior y en su entorno hay enterramientos. Hay acuerdo mayoritario en que Santa María no fue una iglesia, pero tampoco una vivienda. Francisco José Borge, investigador y administrador de la web Mirabilia Ovetensia, habla del edificio del Naranco como "un pretorio sagrado", con un uso regio y plagado de simbolismo sobre la monarquía y su origen divino. "No es una iglesia pero tampoco es un edificio de uso civil", afirma, y recuerda que todo indica que el palacio de Ramiro se levantaba en una finca entre Santa María y San Miguel de Lillo, en la que el arqueólogo César García de Castro llegó a realizar excavaciones, que luego no fueron a más.
Borge cuenta que en su día, cuando lanzaron la teoría de la conexión entre Los Hitos y el Naranco, el equipo arqueológico de Toledo se planteó incluso excavar en el entorno de Santa María, en busca de una necrópolis. Finalmente, fueron abandonando aquellas hipótesis. Borge opina que Los Hitos "no es ningún antecedente de Santa María de Naranco, simplemente pertenecen al mismo mundo".
El también historiado Javier Fernández Conde da escaso fundamento a las teorías sobre el yacimiento de Los Hitos, al menos que en estos últimos tiempos se haya producido algún hallazgo que él desconozca. "Es todo muy etéreo, no es científico. En Siria y el oeste de Grecia también hay iglesias con una planta similar a la Santa María de Naranco, y eso no quiere decir nada", argumenta.
