Ninguna de las propuestas de convocatoria de Cortes hechas tanto desde Asturias como desde otras Juntas Supremas cuajó en una inmediata reunión. Lo que sí se constituyó fue la Junta Central, que el 25 de septiembre de 1808 se instaló en el Palacio Real de Aranjuez, con el nombre de Junta Suprema Central Gubernativa del Reino. La Junta Central, como habitualmente se la conoce, exigió inmediatamente al Consejo de Castilla, otros Consejos, Reales Audiencias y otros organismos del Antiguo Régimen, su reconocimiento como «depositaria de la autoridad soberana del amado rey Fernando VII, hasta que éste fuera restablecido en el poder de su augusta dignidad».

La situación bélica en la que se encontraba España y un sinfín de medidas y disposiciones que la Junta Central debió resolver en las primeras semanas de existencia y funcionamiento hicieron que la convocatoria de Cortes quedara un tanto postergada. Nuevamente la voz de un asturiano se significó en esa ocasión recordando que la convocatoria de Cortes era históricamente una práctica habitual en el reino de España cuando concurrían circunstancias graves e importantes, como eran las que se vivían en aquellas fechas de 1808. En los primeros días de octubre de 1808, el canónigo ovetense Francisco Martínez Marina redactó una «Carta sobre la antigua costumbre de convocar las Cortes de Castilla para resolver los negocios graves del Reino». No está claro si fue por iniciativa propia o a solicitud de Jovellanos, pero el escrito circuló de forma anónima y llegó a los miembros de la Junta Central.

El objetivo de la carta, según palabras del propio Martínez Marina, era que «persuadido que todo ciudadano debe sacrificarse por la causa de la patria», asumía su responsabilidad y redactaba «un papel cuyo objeto era mostrar entre otras cosas la absoluta necesidad que había de establecer prontamente un gobierno legítimo y constitucional, y que el primer paso debía ser juntar Cortes generales y reunir la representación nacional, para que la nación, cuya era la gloria, el interés y el peligro, tomase de común acuerdo una resolución acertada y medidas convenientes para consolidar el género de gobierno que le pareciese más razonable en tan crítica situación».

La carta, escribe Martínez Marina, «pudo penetrar hasta la Junta central, donde un sabio individuo de ella [indudable alusión a Jovellanos] procuró dar valor a sus ideas, aunque sus conatos fueron inútiles, ya porque aquella Junta estaba presidida por un antiguo ministro [el conde de Floridablanca], muy intrigante, artero, suspicaz, gran promotor del gobierno arbitrario, y que padecía convulsiones siempre que oía hablar de Cortes; ya porque éstas se hallaban muy desacreditadas, y eran más los individuos que aborrecían la luz que los que la amaban».

El asunto de la convocatoria de las Cortes se demoró en la Junta Suprema hasta abril de 1809. Para entonces, ya había muerto el conde de Floridablanca (el 28 de diciembre de 1808), primer presidente de la Junta Central, al que Martínez Marina apuntaba como gran opositor a la reunión de Cortes. La propuesta la hizo el diputado Lorenzo Calvo de Rozas, que ya había sacado el tema con anterioridad, el 15 de abril de 1809 y la mayoría estuvo con que su proposición pasase a examen en las comisiones en que distribuía su trabajo la Junta.

Cuando el asunto se trató en el pleno, según cuenta el conde de Toreno en su «Historia del levantamiento, guerra y revolución de España», «sostuvieron con ahínco la proposición», el presidente de la Junta, el marqués de Astorga, el que fuera ministro de Marina, Antonio Valdés Bazán, Gaspar de Jovellanos, Martín de Garay y el marqués de Camposagrado. Fue muy alabado el voto de Camposagrado «por su concisión y firmeza», escribe Toreno. «Explayó Jovellanos el suyo con la erudición y elocuencia que le eran propias, mas excedió a todos en libertad y en el ensanche que quería dar a la convocatoria de Cortes el bailío Valdés, asentando que salvo la religión católica y la conservación de la corona en las sienes de Fernando VII, no deberían dejar aquéllas institución alguna ni ramo sin reformar, por estar todos viciados y corrompidos, dictámenes que prueban hasta qué punto ya entonces reinaba la opinión de la necesidad y conveniencia de juntar Cortes entre las personas señaladas por su capacidad, cordura y aun aversión a excesos populares».

El 22 de mayo se aprobó el decreto que convocaba Cortes: «Que se restablezca la representación legal y conocida de la monarquía en sus antiguas Cortes, convocándose las primeras en todo el año próximo, o antes si las circunstancias lo permitiesen». En el mismo decreto se establecía la constitución de una comisión compuesta por cinco vocales que sería la encargada de acordar cómo se convocarían las Cortes. También se señalaban las principales materias que serían objeto de debate: medios y recursos para sostener la guerra hasta conseguir acabarla; observancia de las leyes fundamentales del Reino; mejora y perfeccionamiento de las mismas, eliminando los abusos; recaudación, administración y distribución de las rentas del Estado... Para formar la comisión encargada de la convocatoria y preparación de las Cortes fueron elegidos: Gaspar de Jovellanos, el arzobispo de Laodicea, Francisco Castanedo, Rodrigo Riquelme y Francisco Javier Caro. Estos dos últimos eran claramente opuestos a la convocatoria de Cortes. Una de las primeras cuestiones que se plantearon era la de la composición de las futuras Cortes. Jovellanos era partidario de la convocatoria por brazos o estamentos (eclesiástico, militar y popular), y su opinión prevaleció sobre la de Caro y Riquelme, que sólo querían convocar a los procuradores de las ciudades y villas con voto, como se venía haciendo desde la época de los Austrias.

Para Jovellanos, la convocatoria de Cortes era el «gran asunto» o «cuestión». En carta dirigida por Jovellanos a lord Holland, desde Sevilla, el 22 de mayo de 1809, le comunicaba: «Le grand affaire concluido. Decretadas para el año próximo, o antes, si las circunstancias lo permitieren».

La Comisión de Cortes efectuó una consulta a las Juntas Provinciales, Audiencias, Chancillerías, Ayuntamientos, Cabildos, Universidades, entendiendo que «las más saludables reformas suelen ser peligrosas si no son acompañadas del voto general de los pueblos». Un mes más tarde, para ordenar los escritos con las respuestas recibidas y preparar el futuro trabajo legislativo, se formaron varias juntas: Ordenación y Redacción; Recursos Extraordinarios; Constitución y Legislación; Instrucción Pública; Hacienda; Disciplina Eclesiástica y Ceremonial de Cortes. Buena parte de los futuros liberales se implicaron en esas Juntas. Agustín Argüelles fue nombrado secretario de la de Legislación.

Un decreto de 28 de octubre de 1809 señaló la convocatoria de las Cortes para el 1 de enero de 1810 y la reunión para el 1 de marzo de ese año.