El "caso Niemeyer" echó a andar en diciembre de 2012, cuando la consejera de Cultura y presidenta de la Fundación que gestiona el centro, Ana González, acudió al juzgado denunciando presuntas irregularidades seis meses después de asumir la presidencia de la entidad. Desde entonces han pasado dos años y medio, y la investigación, lejos de finalizar, se sigue enredando con el paso de los meses. En este tiempo se abrió una pieza separada sobre la inauguración de la cúpula que acabó archivándose, los actuales gestores fueron presentando sucesivas ampliaciones de denuncia, y José Luis Rebollo también pidió nuevas diligencias. Están siendo investigados en el procedimiento Natalio Grueso, su exmujer, un agente de viajes, Rebollo y los extrabajadores de la entidad Joan Picanyol y Marc Martí.
