La insalubridad del río Piles por los vertidos contaminantes que recibe ha provocado que en varias ocasiones se haya tenido que cerrar al baño la playa de San Lorenzo o una parte del arenal. En ocasiones, se ha debido a la aparición de altas concentraciones de bacterias fecales, debido a la llegada al cauce de aguas residuales. El Ayuntamiento también ha cerrado al baño espacios de la playa con la aparición de espumas vertidas por el río Piles, asociadas a la putrefacción de algas y a las cianobacterias.
Las cianobacterias que medran tanto en el anillo navegable como en los estanques del parque de Isabel la Católica generan toxinas que pueden causar problemas de salud a las personas. Entrar en contacto con agua contaminada de ese modo puede derivar en sarpullidos en la piel, vómitos y problemas intestinales, según explican las fuentes consultadas.
