El de las Aceñas era un pequeño estuario con funcionamiento independiente, generado en torno a la desembocadura del río Vioño, actualmente incorporado al estuario de Avilés. En el proceso de construcción del sistema confinante arenoso del estuario de Avilés, el conjunto playa-dunas eólicas de Salinas-El Espartal, la formación de su campo dunar intermedio culminó hace alrededor de 2.500 años, quedando marcado su límite sur por el río Raíces y su límite norte por lo que en la actualidad es la carretera que une San Juan de Nieva con Salinas y Arnao. Esta enorme acumulación arenosa de mayor volumetría sedimentaria hacia el área oriental, en su construcción, fue responsable de la manifestación de dos procesos geomorfológicos determinantes en el paisaje del entorno estuarino:
1. La deriva del cauce del río Raíces. Con anterioridad a la formación del citado campo dunar, el Raíces desembocaba en el área de El Campón, directamente al mar. Constituía este río una red de drenaje independiente que en torno a su desembocadura, con toda seguridad, se generaba un pequeño estuario. La construcción del nuevo campo dunar impidió que el río drenara hacia el Norte y lo obligó a derivar su cauce acomodándose al surco que marcaba el límite de los campos dunares interno e intermedio, haciéndolo en sentido Oeste-Este, para conseguir desembocar en la margen izquierda del canal principal del estuario de Avilés (ría de Avilés) al Norte del playón de Raíces.
2. La incorporación definitiva de Las Aceñas, como estuario satélite, al de Avilés en su margen derecha, integrándose como un subsistema. Las Aceñas continuaría manteniendo las características y funcionamiento de un estuario, aunque con una ligera reorganización de sus unidades dinámicas y morfosedimentarias:
I. Complejo de desembocadura con el río acomodado a un confinamiento rocoso en el borde más septentrional, mientras que por el sur se desarrollaba el confinamiento arenoso, constituido por el sistema playa-dunas eólicas estuarinas de Zeluán, formado por una estrecha playa supramareal (playa de arena seca) marcadamente convexa hacia el sur, a la que asociaba un campo dunar constituido por dos cordones: uno, el más externo, de transición con la playa, de mayor relieve y gran volumetría que decrece gradualmente hasta desaparecer hacia la parte oriental del sistema; el segundo, inmediatamente por detrás sensiblemente de menor relieve y longitud. El conjunto lo completaba la playa estuarina y dunas de San Balandrán, prolongándose por una flecha arenosa conocida como punta La Llera, conectada con el borde occidental de la playa de Zeluán.
II. Bahía arenosa en la que se desarrollan extensas llanuras arenosas que durante las bajamares quedan totalmente descubiertas.
III. Llanuras mareales hacia la parte interna del estuario, con desarrollo de amplias marismas, las de Llodero y Las Aceñas.
IV. Canal superior, parte más interna del estuario, marcadamente meandriforme, transición del estuario al río Vioño.
Las acciones antrópicas llevadas a cabo tales como la desecación de marismas, desarrollo industrial, actuaciones urbanísticas, así como las modificaciones del propio estuario, propiciaron una profunda degradación y de todo lo que debió de ser el estuario primigenio, con una superficie estimada de 960,86 ha (9,6086 km2), tan solo permanece, parcialmente conservado, un espacio declarado Monumento Natural en el año 2002 de 23,41 ha (0,2341 km2).
El punto de partida de las acciones antrópicas sobre las marismas situadas en la ensenada de Llodero y el valle de Las Aceñas, debemos situarlo en 1878. Es entonces cuando Francisco Javier de Macua, marqués de San Juan de Nieva, presenta un proyecto para desecar, y aprovechar para el cultivo, 6,42 ha de playa (llanuras de la bahía arenosa de la ensenada de Llodero). El marqués, sin realizar obra alguna, pretende aumentar la superficie de concesión solicitando también las marismas de La Aceñas en el valle del río Vioño, solicitud que le fue denegada en 1885. En 1901 se le concedió a la viuda de Francisco Javier, marquesa de San Juan de Nieva, el saneamiento de las marismas de Las Aceñas (pero no la ensenada de Llodero), poco más de 38 ha que debían ser dedicadas a fines agrícolas. En 1910 comienza, por parte de la concesionaria, la construcción de dos malecones uno que ocupará la carretera del cabo Peñas y el segundo con el propósito de canalizar el río Vioño y desaguar así las marismas. La obra, concluida en 1914, no se culminó con el desagüe total de las marismas pero condicionó el estuario satélite de Las Aceñas que pierde su "funcionamiento natural", si bien entre finales de la década de 1950 y principios de la de 1960, mantiene su condición de humedal. Es entonces cuando comienza el relleno de las marismas de Llodero: depósito de materiales procedentes del movimiento de tierras para la construcción de Endasa o de residuos industriales generados en la antigua térmica de Ensidesa, estos transportados inicialmente por carretera en camiones y posteriormente mediante tubería construida para tal fin.
En 1968 se canaliza el río Vioño y pasa a desembocar, definitivamente, en el borde oriental del subsistema.
Entre 1974 y 1977 se acometieron las obras de ampliación del canal de desembocadura (canal de entrada) del estuario de Avilés. De una anchura inicial de 90 m se pasó a 150 m en superficie y 120 en el fondo, con un calado que alcanzó la isobata -9, -10 m. Se construyó una escollera de 460 m a lo largo de la margen oriental de la playa expuesta. Además de los dragados y la construcción de la escollera, se llevaron a cabo otras actuaciones: desmantelamiento de los muelles N y NO de la dársena de San Juan de Nieva; eliminación de la escollera de la ensenada de El Arañón y construcción de una rampa para absorber la energía del oleaje entrante hacia el canal y ensenada; adecuación de la escollera de la ensenada de El Emballo y construcción de escollera menor en la peña El Caballo.
La actuación determinó una profunda transformación, responsable de la alteración de la dinámica del paso de desembocadura o canal de entrada que también afectó a la ensenada y playa de Zeluán. Al iniciarse la década de 1980 comienza a observarse un incremento importante en la sedimentación de arenas la ensenada y la playa. El resultado la formación de un extenso campo dunar, de escaso relieve, debido a la rapidez de su formación y en el que se aprecian tres cordones dunares muy laxos, por detrás de una playa estuarina que avanza hacia el canal principal del estuario, haciendo retroceder el límite de mareas.
Con anterioridad a la formación del citado campo dunar "antropocénico", durante las pleamares vivas equinocciales, el agua penetraba a través de tres canales generados desde la playa, el más oriental próximo a la localidad de Zeluán y los otros dos más occidentales, atravesando los cordones dunares, inundando temporalmente la zona de posplaya, con consiguiente depósito de arenas y facilitando el drenaje de las aguas pluviales.
Entre diciembre de 2000 y enero de 2002 y asociado al dragado del canal principal, para aumentar el calado, en el entorno de la punta La Llera, así como para la ampliación de la curva Pachico, llevada a cabo por las dragas, Atlas Nova (de calamaro) y Rocky (de brazo hidráulico), se desarrolló un proyecto de "seguimiento ambiental de las obras de regeneración de las dunas y marismas de la ría de Avilés" que desembocaría en la declaración del Monumento Natural de la Charca de Zeluán y Ensenada de Llodero (Decreto 100/2002, de 25 de julio).
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