Una de las quejas generalizadas entre los expertos de la financiación autonómicas sobre el cupo vasco y la aportación navarra es la escasa transparencia que rodea el cálculo de las cantidades a pagar por las comunidades forales al Estado. El informe del grupo de expertos también recoge una sugerencia para corregir esa deficiencia, en los siguientes términos: "las leyes en las que se establecen los importes del cupo y la aportación deberían contener un anexo detallado en el que se recoja toda la información relevante para el cálculo, incluyendo un listado exhaustivo de cada una de las cargas consideradas asumidas y no asumidas con sus correspondientes valoraciones".

Las aportaciones del equipo de trabajo sobre la financiación no son vinculantes para la reforma del actual sistema.