Los trabajos de sellado del tubo por el que circularán los trenes bajo la Cordillera, adjudicados en 2011, están prácticamente listos, tras una inversión adicional que ronda los 250 millones de euros. Después de varias pruebas fallidas, los técnicos han conseguido una adecuada resistencia del trasdós, que es el hueco entre la roca y la dovela por el que se colaban las filtraciones de agua, gracias a un material realizado específicamente para Pajares por el Centro Superior de Investigaciones Científicas (CSIC). Además, en las zonas críticas se han colocado láminas impermeables en la parte interior del anillo de dovelas para reconducir hacia el exterior, mediante un sistema de desagües, el agua que trata de entrar en el tubo. El problema de filtraciones al interior del túnel se originó en el proceso de perforación de la Cordillera. Los "topos" excavaron y colocaron un revestimiento formado por siete dovelas. Entre este anillo y la roca quedó un trasdós que se cubrió con lechada. Sin embargo, la presión hizo que el relleno no aguantara, con lo que, finalmente, el agua de las filtraciones comenzó a entrar en el trasdós, arrancando la lechada que se había puesto en primera instancia. Para arreglar el desaguisado, los técnicos tuvieron que reforzar de nuevo el trasdós con el material aportado por el CSIC, que ha dado resultado.