La gestión del proyecto y de las obras del enlace de tren a la papelera de Navia ha estado repleta de incidencias y paralizaciones, en algunos casos por cuestiones políticas y en otros por haberse visto salpicada por procedimientos judiciales. Según ha desvelado Ignacio García Palacios, alcalde de Navia, Francisco Álvarez-Cascos, en sus tiempos de presidente del Principado, frenó todo lo que pudo un proyecto en el que no creía, ya que, a su juicio, se trataba de favorecer a una empresa privada con fondos públicos.
En 2012, la juez asturiana Pilar de Lara, encargada del caso "Pokémon", interrogó al constructor vigués Javier Anchelergues Martínez en relación a la construcción de unos de los tramos del ramal ferroviario, que le había sido adjuficada por tres millones de euros, y su posible relación con una red de financiación ilegal de partidos políticos. Anchelergues quedó en libertad tras testificar.