Fueron la Fiscalía Anticorrupción y una asociación creada por militantes de Podemos los que consiguieron que la Audiencia Nacional haya abierto diligencias penales por la obra de amplliación de El Musel. Sus denuncias se han acumulado en el Juzgado Central de Instrucción Número 3, que dirige el magistrado Javier Gómez Bermúdez. Han sido las últimas críticas en torno a una obra que fue denunciada por diversos grupos políticos, colectivos y hasta ciudadanos particulares ante diversos órganos de la Unión Europea, la Fiscalía y los Juzgados.
El primer paso lo dio, en diciembre de 2007, Los Verdes de Asturias (actualmente Equo). El partido ecologista presentó una denuncia ante la Dirección General de Política Regional (DG Regio) de la UE, advirtiéndole de que la Autoridad Portuaria de Gijón estaba intentando hacer pasar por una hipotética segunda fase de las obras de ampliación lo que en realidad era los sobrecostes de hasta 250 millones de euros que había pactado con la UTE Dique Torres. Fue un paso que causó ciertas tensiones entre socios del entonces gobierno regional de Vicente Álvarez Areces, en el que indirectamente participaban Los Verdes por su coalición electoral con IU.
Aquella denuncia hizo saltar las alarmas en la UE y en 2008 el Tribunal de Cuentas Europeo cuestionó los sobrecostes en uno de sus informes: "La aplicación de los nuevos precios, aunque éstos no hayan sido certificados como gasto subvencionable a la CE, podría ser contraria a lo estipulado en el contrato y constitutiva de una posible falta relativa a la debida transparencia en el procedimiento de contratación pública", dijo ese Tribunal.
El partido nacionalista Andecha Astur dio un paso más y en 2008 dio los pasos para presentar, a través de un eurodiputado, una denuncia ante la OLAF (Oficina Europea de Lucha contra el Fraude) por los sobrecostes.
El primer intento de llevar el asunto a los tribunales lo dio un ciudadano particular, natural del Alto de Aboño y vecino de Luxemburgo, que presentó en septiembre de 2009 una denuncia ante la Fiscalía, con los pocos datos de que disponía. La Fiscalía dio carpetazo a aquella denuncia tras pedir información al Puerto.
Mientras tanto, la DG Regio había optado por revisar todo el expediente, incluyendo la adjudicación de la obra, y no sólo la petición de sobrecostes. En noviembre de 2009 la DG Regio envía una petición a la OLAF para solicitarle que investigara el caso, ante las sospechas de supuesto fraude. El informe de la OLAF, que apreciaba indicios de supuestos delitos en torno a la obra, propició una cascada de denuncias el año pasado. Manos Limpias presentó denuncia ante la Fiscalía asturiana, que la remitió a Anticorrupción, que ya estaba sobre el tema. Ciudadanos por Asturias presentó denuncia en los juzgados gijoneses, desestimada por defectos formales. Al final, la Audiencia Nacional ha actuado a instancias de Anticorrupción y el Observatorio Ciudadano Anticorrupción de Asturies (OCAN).
